يتم جمع العينات من قبل المرافق المشاركة. ويعتمد هذا البرنامج على شركائنا في المرافق من أجل جمع العينة ومعالجتها وتخزينها بشكل صحيح حتى يتم أخذ العينة لنقلها إلى المختبر في مركز مكافحة الأمراض والوقاية منها.
هناك نوعان رئيسيان من العينات التي يتم جمعها: العينات المأخوذة والعينات المركبة.
- العينات المأخوذة هي عينة واحدة تم جمعها في لحظة زمنية معينة. يمثل هذا النوع من العينات مياه الصرف الصحي المتدفقة إلى محطة المعالجة في تلك اللحظة التي يتم فيها جمع العينة.
- العينات المركبة هي عينات فردية جُمعت على مدار فترة زمنية 24ساعة ثم جُمعت لتشكل عينة واحدة. يمكن جمع العينات بناءً على وقت محدد (على سبيل المثال، كل 10 دقيقة) أو اعتمادًا على مقدار التدفق الذي يدخل محطة معالجة مياه الصرف الصحي. هذا النوع من العينات يمثل يوم كامل من التدفق إلى محطة معالجة مياه الصرف الصحي.
توفر الأداة معلومات إضافية (بيانات وصفية) مصاحبة للعينة مثل وقت جمع العينة والتدفق ليوم الجمع ونقطة أخذ العينة. يتم جمع جميع العينات عند مدخل محطة المعالجة قبل حدوث أي معالجة مهمة.
تُشحن العينات إلى شركة DCLS للتركيز والاستخلاص وتحليل تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي بالقطرة (ddPCR). قبل أسبوع نوفمبر 15 ، 2021 ، تم شحن العينات المستخلصة إلى المختبر المعتمد من البرنامج الوطني للوقاية من العدوى في منطقة هامبتون رودز للصرف الصحي (HRSD) لتحليل متلازمة الالتهاب الرئوي الحادCOV2 عن طريق ddPCR. الجين المستهدف المقدم في هذا التقرير هو ddCoV_N، وهو نسخة معدلة من الجين N2 لتحليل مياه الصرف الصحي ddPCR[1]. تتم إزالة نتائج التضخيم الكمي التي لوحظ تضخيمها في عناصر التحكم بدون قالب (NTC) من التحليل. حد الاكتشاف للإصدار الحالي من بروتوكول المختبر (الإصدار2.0) هو 6 ،200 نسخ/لتر من مياه الصرف الصحي. يتم تعيين قيمة لجميع التركيزات الأقل من حد الاكتشاف تساوي نصف حد الاكتشاف.
| إصدار بروتوكول المختبر | حد الاكتشاف (LOD) | مسؤوليات المختبر |
| v2.0 | 6,200 | التركيز والاستخلاص وتحليل ddPCR: DCLS |
| v1.0 | 1,350 | التركيز والاستخلاص: DCLS
تحليل تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي بالقطرات (ddPCR): إدارة الموارد البشرية والتنمية البشرية |
يتم حساب الحمل الفيروسي بناءً على المعادلة 1:
(1) الحمل الفيروسي (نسخ/اليوم) = التركيز الفيروسي. (نسخ/لتر)*معدل التدفق (MGD)*(3785411.8 لتر/د) /(1 MGD)
يتم احتساب النسب المئوية على أساس كل موقع حسب الحمل الفيروسي، ثم يتم تقسيمها إلى خماسيات (أي 0-19.9th, 20-39.9 40-59.9 60-79.9 80-100عشر). توفر النسب المئوية الخاصة بالموقع مقياسًا لمقارنة بيانات الأسبوع الحالي بالبيانات التاريخية للموقع، مما يسمح بتصور ملون للوقت الذي شهد فيه كل موقع أعلى نسبة تحميل مقابل أقل نسبة تحميل.
المراجع
[1] Gonzalez, R., Larson, A., Thompson, H., Carter, E., & Cassi, X. F. (2021). إعادة تصميم فحوصات RT-qPCR السريرية لمياه الصرف الصحيCOV2 إعادة تصميم فحوصات RT-qPCR السريرية لمياه الصرف الصحي RT-ddPCR. https://doi.org/10.1101. /2021.03.02.21252754